新疆維吾爾自治區(qū)中醫(yī)醫(yī)院成立于1959年7月1日。1986年4 月，醫(yī)院成為新疆中醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院；1998年9月，醫(yī)院成為新疆醫(yī)科大學(xué)附屬中醫(yī)醫(yī)院。2001年11月，醫(yī)院與新疆維吾爾自治區(qū)中醫(yī)研究所合并。五十多年的積淀，尤其是近十年來的快速發(fā)展，醫(yī)院已成為全國規(guī)模較大、中西醫(yī)人才匯聚、學(xué)科設(shè)置齊全、技術(shù)力量雄厚、中醫(yī)特色突出、設(shè)備配套先進(jìn)，集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防保健和康復(fù)于一體的大型現(xiàn)代化三級甲等中醫(yī)醫(yī)院。醫(yī)院同時是國家中醫(yī)臨床研究基地、國家“中醫(yī)藥國際合作基地”、國家藥物臨床試驗機構(gòu)、衛(wèi)生部“關(guān)節(jié)鏡診療技術(shù)培訓(xùn)基地”、新疆醫(yī)科大學(xué)第四臨床醫(yī)學(xué)院、新疆維吾爾自治區(qū)中醫(yī)藥研究院和新疆中醫(yī)名醫(yī)名方研究開發(fā)中心，并設(shè)有國家級博士后科研工作站。
醫(yī)院占地面積4.2萬m2,建筑面積12.9萬m2，醫(yī)院編制床位1800張，實際開放床位2700張。目前，醫(yī)院設(shè)有39個行政后勤科室、71個臨床醫(yī)技科室、1個分院、2個門診部、一個分部、1個社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心和1個戒毒所。2012年，醫(yī)院門急診總量達(dá)144.4萬人次，收治住院患者人數(shù)達(dá)8.1萬人次，收治外埠住院患者2.3萬人次，完成手術(shù)近2.4萬臺次，平均住院日12天。
醫(yī)院現(xiàn)有職工2850人，其中在編職工1096人；具有衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)職稱的人員2059人，正高職稱人員120人，副高職稱人員157人，中級職稱人員390人；具有教學(xué)職稱人員202人，其中：教授16人，副教授62人,講師124人。醫(yī)院現(xiàn)有博士32人，碩士379人；享受國務(wù)院特殊津貼專家6人。
醫(yī)院現(xiàn)有3個衛(wèi)生部臨床重點?？疲ㄖ嗅t(yī)心血管病科、中醫(yī)骨傷科、中醫(yī)皮膚科），7個國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科[中維西醫(yī)結(jié)合臨床、中醫(yī)骨傷科學(xué)、中醫(yī)皮膚病學(xué)、中醫(yī)老年病學(xué)、臨床中藥學(xué)、中醫(yī)絡(luò)病學(xué)（培育項目）和中醫(yī)文化學(xué)（培育項目）]，10個國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點?？芠心血管科、骨傷科、內(nèi)分泌科、急診科、肺病科、針灸科、皮膚科，重癥醫(yī)學(xué)科（培育項目）、臨床藥學(xué)（培育項目）、護(hù)理學(xué)（培育項目）]， 10個自治區(qū)級重點學(xué)科（中醫(yī)肛腸病學(xué)、中醫(yī)肺病學(xué)、中醫(yī)內(nèi)分泌病學(xué)、中醫(yī)皮膚病學(xué)、中醫(yī)腦病學(xué)、中醫(yī)腎病學(xué)、推拿學(xué)、中醫(yī)脾胃病學(xué)、中醫(yī)心病學(xué)、針灸學(xué)）；1個“2013年自治區(qū)臨床重點?？啤保X病科）。
醫(yī)院中醫(yī)藥特色享譽全疆，常年開展的中醫(yī)特色診療技術(shù)項目達(dá)68項，針灸、推拿、小針刀、中醫(yī)食療、中藥熏洗、浸浴、溻漬、貼敷等中醫(yī)特色技術(shù)項目深受廣大患者的歡迎，甚至有上海、江蘇等發(fā)達(dá)地區(qū)省市的患者慕名來院就醫(yī)。許多維吾爾族、哈薩克族等少數(shù)民族患者也慕名來醫(yī)院尋求中醫(yī)藥治療。同時，醫(yī)院擁有3.0T磁共振、雙源CT、DSA、彩色多普勒超聲儀、數(shù)字胃腸機等先進(jìn)的醫(yī)療設(shè)備，開展了介入治療、心臟搭橋手術(shù)、人工關(guān)節(jié)置換手術(shù)、脊柱科手術(shù)及胸腔鏡手術(shù)、關(guān)節(jié)鏡手術(shù)等多學(xué)科腔鏡手術(shù)，部分技術(shù)處于疆內(nèi)領(lǐng)先水平。
近年來，醫(yī)院堅持以“打基礎(chǔ)，建機制，謀長遠(yuǎn)”的科研發(fā)展戰(zhàn)略，加強科研工作，科研能力取得了長足進(jìn)步。醫(yī)院目前有5個研究所（呼吸病研究所、心血管病研究所、骨與關(guān)節(jié)疾病研究所、腫瘤學(xué)研究所、高血壓病研究所）。2009年至2013年年底，醫(yī)院共獲得各級各類科研項目479項，其中國家級41項，省部級項目103項，科研經(jīng)費從2009年的334萬元躍升到2013年的1771萬元；共獲各級獎項24項，其中自治區(qū)科技進(jìn)步獎6項、新疆醫(yī)學(xué)科技獎16項、烏魯木齊市科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎1項；通過自治區(qū)科技成果鑒定7項；獲得國家新藥臨床試驗批件2項；申請專利1項；獲得國家發(fā)明專利和實用新型專利共7項；發(fā)表論文2508篇，其中SCI論文14篇，核心期刊論文581篇，獲得自治區(qū)自然科學(xué)優(yōu)秀學(xué)術(shù)論文獎8項。
作為新疆醫(yī)科大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)院，醫(yī)院設(shè)有12個臨床教研室，擁有博士研究生導(dǎo)師15名，碩士研究生導(dǎo)師102名，醫(yī)院中醫(yī)內(nèi)科學(xué)、中醫(yī)外科學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床、針灸推拿、中藥學(xué)、方劑學(xué)為碩士學(xué)位授予點，有自治區(qū)級精品課程1個，校級精品課程2個。
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